I maggiori rischi microbici sono associati all’ingestione di acqua
contaminata da escrementi umani e animali. Tuttavia, la contaminazione chimica sulle navi potrebbe anche verificarsi a seguito del trasporto di acqua sfusa contaminata a bordo in porto, dei collegamenti incrociati a bordo o di un trattamento a bordo improprio.
Occorre fare attenzione durante il trattamento, il trasferimento, la produzione, lo stoccaggio o la distribuzione delle acque nelle navi poichè anche Il trasferimento dalla costa alla nave è una potenziale fonte di contaminazione microbica o chimica.
Oltre al trasferimento di acqua da terra a nave e allo stoccaggio di grandi quantità a bordo della nave, molte navi usano la desalinizzazione per produrre la propria acqua potabile, ulteriore possibile forte di contaminazione.